Hvězdárna byla postavena v padesátých letech astronomickým kroužkem tehdy samostatné obce Ďáblice. Pro veřejnost byla otevřena v roce 1956. Původní stavba (východní kopule, přednáškový sál a knihovna) byla rozšířena v roce 1960 o kancelář, západní kopuli a spojovací chodbu. V roce 1968, při sloučení Ďáblic s Prahou, se hvězdárna spojila se Štefánikovou hvězdárnou a od roku 1975 je třetím střediskem Hvězdárny a planetária hlavního města Prahy.